佐渡海上保安署は新潟市より約６５キロメートル離れた佐渡島に所在します。
　国内有数の観光地でもある佐渡島は、日本最大級の島であり総面積は約８５５平方キロメートル、周囲の海岸線総延長は約２６０キロメートルに及びます。
　また、佐渡島の主要港である両津港は、大型カーフェリーが就航する島民生活及び観光にとって重要な港となっています。
　佐渡海上保安署は平成１７年４月１日、両津海上保安署から名称が変更となりまして、
平成３０年７月に新庁舎に移転しました。