新潟海上保安部は、昭和25年に第九管区海上保安本部の事務所として設置されました。
　昭和39年の新潟地震により旧庁舎が損壊したことから、昭和41年3月に現在の合同庁舎（中央区竜が島）に移転しています。

　また、新潟港西区には、管制水路が設定されていて、この管制業務も新潟海上保安部が行っています。西区は、信濃川河口を利用しているため航路幅が３４０ｍと狭いことから、昭和42年4月港口付近に「新潟信号所」を設置し、出入港船の管制業務が開始されました。