管理課では、職員の業務遂行及び巡視船艇業務を円滑に推進することを重点に、巡視船艇との連携を密にして、人事管理はもとより、予算の効率的な使用及び適切な物品の管理、国有財産の管理に努めています。 　また、地域との連携を図り、常に地域社会に密着した海上保安業務を目指し、海陸職員が一体となって広報・地域連携活動や職員採用活動などを積極的に実施しています。 　 　管理課には総務係・渉外係のの２係が設置されており、それぞれの主たる業務は次のとおりです。
総務係  　　総合窓口業務 　　 国有財産管理業務 　　（職員宿舎及び土地の管理等） 　　 学生（海上保安大学校海上保安学校）  　　採用試験事務  　　職員採用試験事務  　　職員の服務、給与、福利厚生事務	渉外係 　　 広報・地域連携業務 　　 留置業務 　　 犯罪被害者等の支援に関する業務 　　 　　 他の係りに属さない渉外事務